日本列島這地方大約在10萬年至3萬年前出現, 當時北海道與九州這兩個地方是和亞洲大陸相連, 原始人類和動物都可以自由來往於亞洲大陸與日本之間, 因此推斷日本民族最早的祖先來自亞洲大陸。
約1萬2千年前左右, 隨著最後冰河時期的結束 , 全球氣候轉暖, 地殼變動與海面上升, 日本列島從亞洲大陸分離出去, 正式開展了日本的歷史。 而這時候, 也出現了日本的第一個文明時期, 稱為「 繩文時代」。所謂「 繩文時代」, 因為這個時期出土的陶器上有繩紋而得名。當時的人以狩獵、捕撈、採集爲生, 形成沒有貧富與階級差別的社會。
繩文時代於公元前300年結束, 之後日本便進入了延續600年的彌生時代 (公元前300年至公元250年)。這是一個很重要的時代, 從這時開始, 社會開始產生變化, 開始出現階級和王國, 漸漸形成了日本文化的原型。什麼可以令到社會產生變化? 答案是: 「稻米種植」。
當時種植稻米技術由朝鮮傳入九州北部, 北九州一帶很快便出現很多稻田, 而以稻作為中心的農耕社會漸漸成立。稻米是很重要的食物, 是所有人生存所需的東西, 換言之, 擁有田地, 便擁有食物, 為了擴大種植稻米的生産, 開始佔用土地, 強者最後自然擁有大量田地, 掌握勢力政權, 就這樣在某地方產生王國, 而掌握權力的人便稱為王了。
當時在九州北部出現了幾個王國: 火國 (亦作肥國), 其領地約為現在的長崎縣、佐賀縣、熊本縣一帶; 筑紫國, 其領域約為現在的福岡縣一帶。
貧富階級就這樣産生了, 而農村也走向政治集團化, 而引申帶來的信仰、禮儀、風俗習慣也逐漸傳播開來, 形成了日本文化的原型。所以, 很多歷史學家都推斷日本的發源地是九州。
農耕社會在九州北部成立後, 不久迅速向北擴展至四國和本州南部, 因而出現了出雲國、吉備國 、越國、大和國和毛野國等等的王國。而當中勢力最強大的是大和國, 其領地約為現在的奈良縣。 大和國其後被出生於高千穗的神武天皇 (日本傳說中的第一代天皇)所佔領, 神武天皇繼續東征西討, 在六年間平定周邊所有王國部落, 建立起統一的大和國, 也是日本第一次的統一, 所以日本也被稱為大和國。
當大和政權統一 日本後, 九州被劃分為筑紫國、豐國、肥國、熊襲國等多國。
到了公元九世紀, 九州再被劃分為筑前、筑後、豐前、豐後、肥前、肥後、日向、薩摩、大隅九國, 而「九州」這名稱才第一次在歷史上記載。而這些名稱到現在也經常看到, 知道這段歷史便自然明白了。
1868年, 德川幕府被推翻, 明治天皇為政, 並於 1871年 推出廢藩置縣新政, 而長達一千二百多年歷史的九州九國重新劃分, 改為七縣, 分別是福岡縣、大分縣、熊本縣、長崎縣、佐賀縣、宮崎縣和鹿兒島縣 。
為了表示九國在該地方的悠久歷史, 所以源用九州這名稱。所以, 以後再不用疑問, 為什麼九州只有七個縣, 但卻叫九州了。